Fox River
La prison de Fox River est la copie presque fidèle de la prison de Joliet. Sa structure et sa configuration sont identiques excepté ses trois étages au lieu de deux. Elle est dirigée par Henry Pope jusqu'à sa démission, faisant suite à l'évasion des "Huit de Fox River", puis par Ed Pavelka. Celui-ci adopte une politique d'autorité et de répression à l'opposé de celle de son prédécesseur.
La population générale de la prison est divisée entre des cellules est et ouest dans des ailes A et B. Ces deux ailes sont complètement isolées par l'aile sud, qui contient le personnel administratif.
L'épisode suivant révèle que l'infirmerie est localisée dans le côté opposé à l'aile A. Une salle d'entreprosage, qui deviendra plus tard la salle de repos des gardiens, est localisée au centre de la prison, directement au-dessus des conduits souterrains.
Contruite en 1858, la prison a un circuit étendu de tuyaux souterrains. Michael Scofield explique à son compagnon de cellule, Fernando Sucre, qu'au cours du siècle les conduits en plomb d'origine ont été remplacés par des conduits en cuivre, puis plus tard par des tuyaux en plastique industriel. Ces conduits de remplacement ont été rajoutés sur les plus anciens, créant ainsi un réseau complexe de tuyaux sous la prison.